“微笑列车”项目的运行程序大致分以下几步：
　　1、 摸底调查。初步摸清本地区的病员情况。由省级项目执行机构负责。
　　2、 推荐定点医院。根据对病员“相对集中，就近治疗”的原则向中华慈善总会推荐。由省级项目执行机构负责。
　　3、 考察评估定点医院。根据省级项目执行机构的推荐，由中华慈善总会组织医疗指导小组的专家到被推荐的医院进行现场考察评估。考察合格后，由中华慈善总会颁发定点医院认定证书和标志牌。
　　4、 签订协议。即中华慈善总会与省级项目执行机构签订《项目委托协议》，省级项目执行机构与医院和患者分别签定手术矫治的相关协议。
　　5、 正式开展手术。手术患者如何组织，由省级项目执行机构与医院和当地项目管理部门具体协商。
　　6、 验收结算，抽查评估。经费结算是由中华慈善总会和美国“微笑列车”根据网上电子病历的验收情况分别与省级项目执行机构和定点医院进行结算；抽查评估是通过电话访谈、电子病历的审查或招回手术患者进行现场评估完成。